Maahad Tahfiz Al-Quran telah ditubuhkan pada tahun 1992. Ia wujud hasil daripada cadangan yang telah dibuat oleh Y.A.B. Tuan Guru Dato' Nik Abdul Aziz bin Nik Mat setelah menerajui Kelantan sebagai Menteri Besar pada tahun 1990. Yayasan Islam Kelantan (YIK) pada ketika itu di bawah Haji Abdul Samad Mahmood telah menjunjung tinggi cadangan ini dan mengambil inisiatif untuk mengendalikan pengurusan MTAQ.

Seramai 30 orang pelajar dipilih untuk menjadi generasi sulung pelajar MTAQ. Pada ketika itu, mereka ditempatkan di bangunan Lembaga Peperiksaan YIK, Nilam Puri kerana Kompleks MTAQ masih lagi dalam pembinaan. Dua orang guru telah dilantik iaitu Ustaz Mohd Mansor bin Hj Mohd Daud dan Ustaz Nazaruddin bin Jalaluddin sebagai tenaga pengajar dengan dibantu oleh beberapa orang pegawai YIK.